A Prototype-ban a játékosok Alex Mercert irányítják - a titokzatos, genetikailag megváltoztatott alakváltót, akinek nincsenek emlékei a múltjáról, veszettül hajtja létezése rejtélyének kiderítése miközben átszáguld a sûrûn lakott New York City-n, Parkour-stílusú folyamatossággal mozog és elpusztít mindent ami az útjába kerül. A \'Pusztíts vagy vezesd félre\' játékmenet lehetõvé teszi hogy a játékosok eldöntsék, elvegyülnek a lakosságban és álcázva haladnak a játékban, vagy teljesen szabadjára eresztik Alex erejét és úgy haladnak át New Yorkon mint egy mészárszéken, katonai jármûveket irányítva, minden kanyarban pusztítva.