Én nekem is volt ez problémám!
Megoldás:
Run.BAT ba ez megy:
@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D \"%BINDIR%\"
\"%ProgramFiles(x86)%\\Java\\jre7\\bin\\java.exe\" -Xmx1g -Xms1g -jar craftbukkit.jar
PAUSE
Ezt lehet ûllítgatni D helyére pl C megy a CD/C-lesz