A Prince of Persia: The Two Thrones közvetlen a Warrior Within ’igazi’ befejezése után veszi fel a fonalat, vagyis a Herceg a Dahakát legyõzi, Kaileenát pedig megmenti végzetétõl, kettesben hajóznak Babilon felé.
Amikor közelebb érnek elszörnyedve látja, hogy a városát elfoglalták, hajójukat pedig nyílzáporral sújtják és egy katapulttal a tenger mélyére süllyesztik. A Herceg egy deszkába kapaszkodva partra sodródik, és szeme láttára vonszolják el szerelmét a rejtélyes támadók. Útra indul, hogy kiszabadítsa, és akkor rájön, hogy õsi ellensége, Vizier áll a támadás mögött (Az idõ szigetén történt eseményeknek köszönhetõ, hogy nem halott.) és õ rabolta el Kaileenát.
Amikor végre megtalálja szerelmét, tehetetlenül kell végignéznie, ahogy a Vizier az idõ tõrével hason szúrja kedvesét, ezzel elszabadítva az idõ homokját, majd pedig önmagába mártja a tõrt, átváltoztatva magát egy halhatatlan szörnnyé. Az elszabadult homok mindenkit átváltoztat, a Herceg azonban még idõben elkapja az idõ tõrét, viszont részlegesen így is megfertõzõdik.
Megmenekül, azonban a csatornában találja magát Babilon városának peremén és elindul, hogy megölje Viziert. Az idõ homokjának hatására egy sötét személyiség alakul ki benne. A Herceg jó cselekedetekre törekszik, de a bosszúvágy hajtja elõre, míg a Sötét Herceg (Dark Prince) egy rideg, kegyetlen, arrogáns és sz*rkasztikus személyiség, aki egy belsõ hangként igyekszik meggyõzni a Herceget, hogy tulajdonképpen õk egy és ugyanazon személy és ne törõdjön másokkal, csak saját magával.
A Vizier nyomában összefut egy régi ismerõssel, Farahával, aki természetesen nem emlékszik semmire és meglepõdik, hogy a Herceg ismeri õt. Kezdetben gyanakvó, ennek ellenére egy új kötelék van kialakulóban kettõjük között. Vizier azonban elragadja Farahát, hogy magához hasonlóvá formálja és királynõjévé tegye, a Herceg lába alatt egy varázslattal beszakítja a talajt, aki így egy földalatti aknába zuhan, ahol a Sötét Herceg megpróbálja teljesen uralma alá vonni. A Herceg megtalálva apja kardját és holttestét, elkeseredik, sötét énje pedig szemére veti az eddigi próbálkozásait a múlt megváltoztatásáról és azok sikerességét. A Herceg végül belátja, hogy nem futhat tovább sorsa elõl, nem törölheti el többé hibáit és azok következményeit, hanem el kell azokat fogadnia, a felismerésnek hála pedig úgy tûnik, teljesen úrrá lesz a Sötét Hercegen.
A Herceg végül kijut, és újra szembeszáll Vizierrel és az idõ tõrével szíven szúrja. A Vizier testébõl kiáramló és a város minden pontján szétterjedõ homok a torony tetején koncentrálódik és Kaileena alakja formálódik meg, aki a sebeit begyógyítja és megtisztítja a várost a fertõzéstõl. A Sötét Herceg ekkor magához akarja ragadni teste irányítását, de a Herceg végül örökre elhallgattatja. Farah felébreszti és megkérdezi, hogy honnan tudta a nevét. A Herceg pedig elmeséli neki történetét ugyan úgy, ahogyan a Sands of Time végén is tette.
Frissítés alatt...